Unter der Trägerschaft der Umweltstiftung Michael Otto hat das Kompetenzzentrum Naturschutz und Energiewende (KNE) am 1. Juli 2016 seine Arbeit aufgenommen. Das KNE unterstützt den naturverträglichen Ausbau der erneuerbaren Energien, indem es dazu beiträgt, die diesbezüglichen Debatten zu versachlichen und Konflikte vor Ort zu vermeiden. Die erste Phase der Trägerschaft wurde erfolgreich am 31. März 2022 abgeschlossen. Die Umweltstiftung Michael Otto hat den Zuschlag bekommen, für weitere 4 beziehungsweise 6 Jahre als Träger die Arbeit des KNE zu unterstützen.
Im September 2022 hat die Umweltstiftung Michael Otto in Kooperation mit dem Kompetenzzentrum Naturschutz und Energiewende zu der Dialogveranstaltung Naturverträgliche Energiewende - Fit für die Zukunft? im Lichthof des Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz, nukleare Sicherheit und Verbraucherschutz (BMUV) geladen, um über die Vereinbarkeit von Naturschutz und Energiewende zu diskutieren. Im Mittelpunkt der Veranstaltung stand die Frage, wie eine erfolgreiche Zusammenarbeit zwischen Vertreter*innen des Naturschutzes und der Energiewende für eine partnerschaftliche Bewältigung der Klima- und Biodiversitätskrise aussehen kann.